Sa loob ng mahigit isang libong taon, ang sultanato ay naging pangunahing anyo ng pamahalaan sa mga rehiyon ngayon na tinatawag na Pilipinas. Ang kanilang legacy ay hindi lamang nagpapatuloy sa mga anyo ng pamumuno, kundi pati na rin sa mga kultural na aspeto ng bansa.
Ang sultanato ay naging isang batayan ng pamumuno sa mga rehiyon tulad ng Mindanao, Sulu, at Palawan bago pa dumating ang mga mananakop na Kastila at Amerikano. Ang mga sultan ay itinuturing na mga pinuno ng kanilang mga nasasakupan, nagpapatupad ng batas, nagpapasiya sa mga usapin ng pamayanan, at nagtataguyod ng kaayusan at kapanatagan sa kanilang teritoryo.
Isa sa pinakamahalagang kontribusyon ng sultanato sa Pilipinas ay ang pagpapalaganap ng Islam. Bilang mga pinuno at tagapamahala ng mga Muslim na komunidad, ang mga sultan ay nagtulak ng Islam bilang pangunahing pananampalataya sa kanilang mga nasasakupan. Sa pamamagitan ng kanilang impluwensya at pamumuno, ang Islam ay naging bahagi ng kultura at pamumuhay ng maraming Pilipino.
Ang sultanato ay may sariling sistema ng batas at katarungan na nagsisilbing gabay sa pamumuno at pamamahala ng kanilang mga teritoryo. Ang mga sultan at kanilang mga kasamahan sa pamahalaan ay nagpapatupad ng mga batas na batay sa mga prinsipyo ng Islam at mga lokal na tradisyon. Sa ilalim ng sistema ng sultanato, ang katarungan ay itinuturing na mahalaga at binibigyang-pansin sa lahat ng antas ng lipunan.
Bukod sa mga aspetong politikal at relihiyoso, ang sultanato ay nag-ambag din sa pagpapalaganap at pagpapayaman ng kultural na pamanang Pilipino. Ang mga sultan at kanilang mga nasasakupan ay nagtataguyod at nagmamalasakit sa mga tradisyonal na gawaing kultural tulad ng pag-awit, sayaw, at pananahi. Ang mga ito ay nagpapakita ng kahalagahan ng kultural na pagmamalasakit sa pagpapanatili ng identidad at kasaysayan ng bansa.
Kahit na ang karamihan sa mga sultanato ay nawala na bilang pangunahing anyo ng pamahalaan, ang kanilang legacy ay patuloy na nagpapatuloy sa mga Muslim na komunidad sa Pilipinas. Ang mga tradisyonal na gawain, paniniwala, at kultura ng mga sultanato ay patuloy na ginagampanan at pinapahalagahan ng maraming Pilipino, na nagpapatibay sa kanilang ugnayan sa kasaysayan at pagkakakilanlan.
Ang sultanato ay nag-iwan ng matinding marka sa kasaysayan at kultura ng Pilipinas. Ang kanilang legacy ay nagpapatuloy sa pamamagitan ng mga tradisyon, paniniwala, at institusyon na patuloy na bumubuo sa pagkakakilanlan at kasaysayan ng bansa.